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Next-Generation-Sequencing am WZW

Viele biologisch, agronomisch oder biotechnologisch wichtige Organismen sind genetisch nur unzulänglich charakterisiert. Sequenzier-Technologie der zweiten Generation ermöglicht nun sowohl die effiziente de novo Analyse von Genomen und Transkriptomen als auch die Re-Sequenzierung einer großen Anzahl von Individuen. Dadurch ergeben sich neue Ansätze für eine nachhaltige Nutzung von Organismen, eine Mission, welche für das Wissenschaftszentrum Weihenstephan für Ernährung, Landnutzung und Umwelt richtungsweisend ist.

 

Ausstattung am WZW

Das WZW verfügt über 2 Next-Generation-Sequencing Geräte von Illumina.

  • MiSeq: Standort ZIEL Abteilung Mikrobiologie; 0.8-10 Gb und 15-25 Mio Reads Output, je nach Anwendung, hauptsächlich für Sequenzanalysen prokaryotischer Organismen
  • HiSeq2500: Standort Lehrstuhl für Tierzucht; 9-300 Gb und 0.3-3 Mrd Reads Output, hauptsächlich für Sequenzanalysen eukaryotischer Organismen

 

Konzept von NGS@TUM

Die Nutzung dieser modernen Technologie ist für alle Arbeitsgruppen der Fakultät WZW und auch fakultätsübergreifend an der gesamten TUM möglich.

Die Vorteile, die sich durch das Vorhandensein der Sequenziergeräte am WZW ergeben sind:

  • hohe Flexibilität 
  • kurze Wartezeiten
  • Vernetzung mit anderen Nutzern, möglicher Erfahrungsaustausch
  • geringe zusätzliche Kosten, da das Personal für die Bedienung der Geräte von den jeweiligen Lehrstühlen gestellt wird
  • Projektberatung (für Arbeitsgruppen mit geringer oder keiner Erfahrung mit NGS; Hilfe bei der Antragsstellung, Berechnung der Kosten, Konzipierung der Projekte)